Arkivyskupas apaštalinis vizitatorius Lietuvai

Popiežius Pijus XI pritarė vyskupo Jurgio Matulaičio atsistatydinimui ir 1925 m. rugsėjo 1 d. pakėlė jį tituliniu Adulijos arkivyskupu, o gruodžio 7 d. paskyrė Apaštaliniu vizitatoriumi Lietuvai. Arkivyskupas nedelsdamas ėmėsi naujų pareigų, gruodžio 13 d. atvyko į Lietuvą. Jis nuodugniai ištyrė Lietuvos Bažnyčios padėtį, parengė Lietuvos bažnytinės provincijos įkūrimo projektą, kuriam popiežius pritarė. Per 1926 m. Velykas, balandžio 4 d. Lietuvos bažnytinė provincija buvo įsteigta, paskirti vizitatoriaus pasiūlyti vyskupai.

1926 m. vasarą arkivyskupas J. Matulaitis praleido Jungtinėse Amerikos Valstijose, aplankė 92 lietuvių parapijas, Čikagos priemiestyje pašventino Šv. Antano lietuvių bažnyčią. Pertvarkė marijonų namus, įkūrė naujus, atsiradusią atskirą vienuolijos provinciją atskyrė nuo priklausomybės Lietuvos marijonams.

1926 m. rugsėjo 13 d. grįžo į Kauną. Čia pradėjo įtemptą darbą dėl konkordato tarp Lietuvos Respublikos ir Šventojo Sosto. Dirbo nepaisydamas vis stiprėjančio skausmo, todėl apendicito operacija buvo pavėluota, ir ankstų 1927 m. sausio 27 d. rytą arkivyskupas Jurgis Matulaitis mirė. Buvo iškilmingai palaidotas Kauno katedros požemiuose. Pavasario potvyniai keletą kartų užliejo požemius, todėl 1934 m. spalio 24 d. arkivyskupo palaikai iškilmingai pergabenti į gimtąją Marijampolę, dvasinį marijonų centrą, įdėti į granito sarkofagą dešiniojoje bažnyčios koplyčioje.