Jaunystė
Bartłomiejaus Beniowskio gyvenimo pradžia kelia daug klausimų, verčia mokslininkus spėlioti. Tiksliai žinoma, kad jis gimė 1800 metais, tačiau galima tik spėti, kad tai įvyko rugpjūčio 24 dieną, kai minimas šv. Baltramiejus, ar maždaug šiuo laiku. Nors pats prisistatydavo esantis iš Voluinės, manoma, kad ne tik gyveno, bet ir gimė Berdyčive (ukr. Бердичів).
Nesusipratimų kyla ir aiškinantis, kas buvo Bartłomiejaus Beniowskio tėvas. Tikėtina, kad jo anūkas Tadas Stanislovas Vrublevskis (Tadeusz Stanisław Wróblewski, 1858–1925) galvojo savo protėvį buvus garsųjį grafą Maurycy′jų Augustą Beniowskį (1746–1786). Tokias prielaidas galima daryti iš „Ateneum Wileńskie“ išspausdinto nekrologo, kurį parašė Helena Drège (1888–1956), ilgametė T. S. Vrublevskio padėjėja, daug metų besirūpinusi jo biblioteka. Visgi abiejų Beniowskių gyvenimo datos neleidžia garsiojo keliautojo laikyti tiesiogine Bartłomiejaus Beniowskio gimine.
Pats Bartłomiejus apie savo tėvą sakė, kad jis buvo gydytojas. Tikėtina, kad tai buvo Szymonas Beniowskis (m. 1852). XVIII a. pabaigoje jis tikriausiai studijavo mediciną Vilniaus universitete, bet tuo metu studijų nebaigė. Gavęs leidimą verstis mediko praktika, vedė ir įsikūrė Berdyčive. Į Vilnių baigti studijų jis grįžo tuo metu, kai čia studijavo ir sūnus. 1821 metais jis apsigynė medicinos daktaro disertaciją apie plaučių uždegimo sukeltą stuburo skausmą (joje pateikiami empiriniai duomenys nuo 1818 metų).
Šią disertaciją savo veikale „Traité de Pathologie médicale“ mini ir garsusis Vilniaus universiteto medicinos profesorius Josephas Frankas (1771–1842).
Berdyčive, kaip liudija įrašas Vilniaus universiteto registrų knygoje, Bartłomiejus Beniowskis mokėsi Basųjų karmelitų mokykloje. Sūnaus pradiniu išsilavinimu rūpinosi ir tėvas. Tikėtina, kad paauglį sūnų apie 1816 metus jis atlydėjo ir studijuoti į Vilnių. Taip galėjo geriau juo rūpintis bei pats įgijo medicinos daktaro laipsnį. Iš pradžių Bartłomiejus metus mokėsi Matematikos ir fizikos fakultete, o po metų pradėjo medicinos studijas. 1820 metais, baigęs tris Medicinos fakulteto kursus, tolesnėms studijoms jis prašė valstybės iždo stipendijos, kuri užtikrino nemokamą mokslą ir apgyvendinimą. Taip pat studentai gaudavo pinigų maistui, studento uniformai, drabužiams ir knygoms. Stipendininkai įsipareigodavo baigę mokslus kaip medikai septynerius metus tarnauti armijoje ar laivyne arba dirbti gydytojais tolimuosiuose Rusijos imperijos regionuose. Gauta stipendija lėmė ir tolesnį Beniowskio likimą. Gerai baigęs studijas, jis būtų galėjęs iš karto jas tęsti, siekdamas daktaro laipsnio, bet tam būtų reikėję grąžinti stipendiją – 900 rublių.